При внедрении автоматизированной системы можно ориентироваться на существующую структуру бухгалтерии, при этом происходит лишь модернизация методов работы бухгалтеров, так что затраты и степень риска минимальны. Второй вариант — пересмотр организационной и функциональной структуры подразделения, перераспределение обязанностей, разработка новых информационных взаимосвязей. Эффективность работы подразделения при этом может существенно возрасти. Хотя это более длительный и рискованный процесс, требующий всестороннего анализа и тщательной проработки.
Выбор направления автоматизации бухгалтерской службы предприятия включает в себя предварительный выбор программных средств.
Первое направление — использование офисных программ, например из пакета Microsoft Office, что применимо на небольших предприятиях. Эти программы доступны и недороги, но требуют значительной подготовительной работы — ввода форм документов, разработки системы таблиц и баз данных и т. д.
Наиболее популярно второе направление автоматизации бухгалтерского учёта — с помощью специализированной прикладной бухгалтерской программы.
Третье направление автоматизации бухгалтерского учёта — разработка программного продукта на заказ с помощью сторонней фирмы или собственного подразделения, ИТ-службы. Это требует, как правило, длительного времени и больших затрат и оправданно только для крупных предприятий, при условии, что имеющиеся на рынке программы не отвечают запросам и требованиям заказчика. Если разрабатывается автоматизированная система управления, главный бухгалтер должен следить, чтобы были учтены и потребности бухгалтерии.
Стадии и этапы создания автоматизированной системы изложены в ГОСТ 34601–90 “Автоматизированные системы. Стадии создания”. Основные этапы здесь следующие: